Genotyping-by-sequencing

經濟的定序量即可達成大量個體的基因分型

在族群遺傳學、生態遺傳學及演化學的研究上,對族群中的個體進行基因標誌(genetic markers)的分析來對個體進行分群,是相當重要的手段;若需要對大批個體進行分群,則在人力及物力上需要投入的資源相當可觀。

利用double-digest Restriction-site Associated DNA sequencing (ddRAD-seq)來對大批個體樣品進行基因分型(genotyping);以in silico的方式評估限制酶切位數量,使用兩種不同限制酶對樣品進行片段化,來簡化所要定序的區域複雜性,使我們雖然使用較有限的資料量,卻能獲得充足數量的基因標誌,有效的利用這項定序技術對大量的樣品進行分型。
 
                                                             BK. Peterson., PLoS One. 2012. 7 (5): 1-11
藉由定序分析,可以得到樣品間諸如序列的插入與缺失(Insertions and Deletions, indels)、單一核苷酸多型性 (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs)等個體特色的豐富變化性,來估測個體間的親緣關係;即使是未知參考序列(No Referenece Genome)的物種,也能夠使用ddRAD-seq技術來進行分型。對於生物的遺傳學、育種、區域性族群分布等研究將會帶來更大的便利與發展。

適用研究目的

針對已知或未知參考序列的物種群體進行基因分型。

建議策略

 產品

 Double Digest RAD sequencing

 常見研究目的

 針對已知或未知參考序列的物種群體進行基因分型。

 建議定序規格

 * 定序平台: Illumina
 * 定序方式:Single-End/Paired-End
 * 定序長度:100 bp/125 bp

 建議定序資料量/定序深度

 X

 特殊限制

 需有近似物種基因體序列提供酵素選用判斷

                                                                                  * 如需其他建議策略,歡迎致電/來信詢問。

樣品需求


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