16S rRNA / target metagenomics

16S rRNA 物種鑑定

地球上種類眾多之微生物,必有其獨特且共通的基因序列,以細菌與古細菌來說 16S 核糖體 RNA (16S rRNA) 在演化過程中,改變的程度相當的低,大多數 16S rRNA 其中有 V1~V9 共 9 個高度變異區域 (High Variable Regions,HVRs),透過選擇其中高變區的序列,進行 PCR 專一性增幅放大,經過定序,將序列作為分類與鑑定環境或生物體內微生物之種類與群落。爾後,隨著次世代定序的科技發展,與生物資訊分析的演進,重新給予 16S rRNA 一個新定義,除快速與大量的提供既有的種類分類研究,更進入全新物種或未被成功培養物種的研究新手段。因此,總體基因體學將可以替環境微生物科學研究的新亮點。

定序長度要多少才夠 ?

以16S高度變異區域PCR所得到的Amplicon,其增幅片段的長度依據,考量到定序成本問題(長度越長所耗的時間與定序試劑之成本就會越多),除外,更必須考慮到Amplicon多少長度?才能精確進行物種分類的分析,因此,評估最佳化的條件對於實驗設計是很重要的一件事。Gastroenterol等學者於2010年,針對16S 的Amplicon長度與分類的精準度之間進行比較 (如下圖),以「屬(genus)」的分類層級來說,200 bases就已達到81.7%的分類準確度,隨長度到400 bases則提升至90%,其後精準度會漸趨於飽和,提升的範圍亦有所限度。綜觀而言,至少200 bases以上之長度,用以進行研究分析,就足以擁有相當準確的分類水準。【World J Gastroenterol 2010; 16(33): 4135-4144】

 

適用研究目的

  • 想要了解物種的分布與多樣性

範例報告

16s rRNA Metagenomics 。如有任何疑問,歡迎致電/來信指教。

建議策略

產品

 Metagenomics (16S rRNA )

常見研究目的

 想要了解物種的分布與多樣性

建議定序規格

 * 定序平台:Illumina
 * 定序方式:Paired-End
 * 定序長度:250-300pb

建議定序資料量/定序深度

 0.05~0.1 million reads

特殊限制

 

* 如需其他建議策略,歡迎致電/來信詢問。

樣品需求規格

生資分析流程

樣品類別
定序項目
分析層級
生物資訊分析策略
DNA
Metagenomics
Shotgun sequencing
Advanced

 ● Quality trimmed

 ● De novo assembly

 ● Taxonomy analysis

 ● ORF prediction

 ● Gene annotation (BLAST to NR database)

16S rRNA /target 
sequencing
Advanced

 ● Demultiplex by specific barcode

 ● Reads processing 
(reads trimming & merging overlapped read pairs)

 ● OTU clustering

 ● Remove chimeric OTUs

 ● Assign taxonomy to OTUs

 ● Community analysis (Taxonomy analysis)

 ● Rarefaction analysis

* 如需客製化生物資訊分析流程,歡迎致電/來信指教。


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