次世代定序儀器

兩種定序平台,滿足客戶需求

市面上有多種次世代定序儀器 (Next Generation Sequencer,NGS) 平台,目前 最常被使用的是Illumina和Ion Torrent兩種定序平台;有勁同時擁有兩種平台,客戶可選定不同定序系統,並告知您的實驗目的與定序需求, 有勁專員將提供您最完整的定序規格與生物資訊分析策略。

Illumina定序平台


圖片說明

HiSeq 2500 平台描述與特色

Illumina公司的次世代定序系統是市佔率最高的次世代定序平台,自2007年併購solexa以來Illumina定序技術不斷翻新,一直是市場上單次定序輸出量最高的系統。有勁提供HiSeq2500定序系統,可進行快速定序模式 (Rapid-run-mode) 可提供轉錄體定序、基因組定序與全新基因體定序 (denovo sequencing),並可搭配pair-end的定序方式,可獲得更正確的組裝結果;高通量定序模式 (High-output-mode) 可提供大量樣品定序服務,兩種定序模式可選擇搭配single end 或者 paired end的定序方式;分別適用於定序資料需求量高,例如全基因體定序、RNA定序等或者有快速定序需求之客戶。




Ion Torrent 定序平台


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Ion Proton 平台描述與特色

Ion Torrent次世代定序系統被稱為2.5代的定序系統,主要是因為其定序方式是以半導體元件來偵測,而次世代定序系統的是以光學系統來進行拍照定序,因此,定序速度較其他次世代定序系統來得快速。 有勁生物科技的Ion Proton定序平台,適合提供各種Target sequencing panel服務,如Cancer panel、Inheritance disease panel等。


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Ion PGM 平台描述與特色

Ion Torrent 公司所研發的小型個人化基因組定序儀 Ion PGM (Personal Genome Machine),其定序核心是以半導體為主,因此,儀器中沒有造價昂貴的光學判讀系統,故大幅降低設備價格,取而代之,是由電子偵測讀取器、電腦微處理器和流體系統所構成。其原理主要當核苷酸(dNTP)互補結合單股 DNA 時,會釋放出氫離子 (H +),改變 pH 值(Δ pH),進而發生電位變化(ΔV),產生電流訊號,這樣的反應藉由半導體晶片裡的感測元件,從中判讀並區分四種 A、T、C、G 不同的鹼基,達到解序之目的。Ion PGM 支援三種不同的半導體定序晶片,分別提供不同的定序輸出資料量(如下表)。Ion PGM 主要可提供小型需求的定序實驗,讓醫院或醫事檢驗所,以及相關學術研究單位,更具經濟的規劃實驗計畫。


定序晶片名稱
定序數量 (Reads/Run)
定序總資料量 (Base)
定序時間 (至少)
Ion 314™ Chip v2
400-500 thousand
Up to 100 Mb
2.3 hr
Ion 316™ Chip v2
2-3 million
Up to 1 Gb
3.0 hr
Ion 318™ Chip v2
4-5.5 million
Up to 2 Gb
4.4 hr

 

Ion S5 平台描述與特色

 最新一代Ion S5,提供五大定序需求,如下:
  1. 操作簡單 (Simplicity):定序所需試劑與耗材,化繁為簡,整併合一,搭配Ion Chef™ 系統,上機操作時間縮短簡化至1小時以內,即可完成。
  2. 可擴展性 (Scalability):此系統具彈性化選擇,依據所需的資料量,搭配選擇三種量身訂做的定序晶片;另外,也具備多種定序種類供客戶所需 (醫學方面:癌症、遺傳性與感染性疾病、染色體異常之偵測)。
  3. 定序快速 (Speed):每一次定序的過程約花費 2.5至4 個小時,從DNA 到解序,只需不到一天的時間,即可完成。
  4. 少量樣品需求 (Small sample input):因應來源複雜的樣品種類,有時會有低品質或微降解的情況,因此,針對此特殊情形,此系統所能容忍之最低DNA 或 RNA之樣品總量只需10 ng,同時搭配AmpliSeq的技術,達到少量樣品也可進行定序的需求。
  5. 簡單的數據分析和存儲 (Simple data analysis and storage):提供初階分析 (包含:上機計畫設計、定序結果監控、選擇分析的項目軟體);進階的分析 (包含:資料整合、定序結果註解、序列變異程度的標記);關於定序資料的儲存,則是提供安全性的空間進行儲存/讀取。
   


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