Shotgun Metagenomics

高度複雜的環境基因體 提供有效率的分析利器

總體基因體學 (Metagenomics,或稱宏基因體學)是由Handelsman等人於1998年提出的新名詞,指環境中所有生物遺傳物質的總和。近二十年來,總體基因體學逐漸成為一個特別工具,用於研究環境中、人體內等的微生物多樣性和其功能分析,特別是來自於土壤、海洋、空氣、植物和動物腸胃道共生菌等樣品。總體基因體學的研究方向主要為微生物,由於有99%以上的微生物是無法仰賴人工培養的,因此,如果想要描繪真實環境的生化代謝圖譜,最有效的方式就是直接萃取環境中的遺傳物質 (包含DNA與RNA) 加以分析,藉由這些基因體資訊,對環境代謝路徑有通盤了解。但環境中的物種組成相當複雜,若以傳統定序方法解讀遺傳訊息,不僅費時,也很昂貴;反之,次世代定序可以大量產生定序資料,在面對高度複雜的環境基因體,會是一個有效率的分析工具。

Metagenomic shotgun sequencing 為一種全面性探究所有存在於複雜環境中大多數微生物種類之科研方式。該方法使微生物學家可評估微生物多樣性(diversity),並檢測在各種環境中微生物的豐富度(abundance)。此方式也為研究難以或無法培養之微生物,帶來一種全新的研究利器。

適用研究目的

  • 研究環境微生物之代謝特性與路徑與其種類。

範例報告

Metagenomic Shotgun sequencing。如有任何疑問,歡迎致電/來信指教。

建議策略

產品

 Metagenomic  (whole genome shotgun)

常見研究目的

 想要瞭解環境微生物的序列內容以及可能的代謝路徑

建議定序規格

 * 定序平台:Illumina 
 * 定序方式:Paired-End 
 * 定序長度:250-300pb

建議定序資料量/定序深度

 5G

特殊限制

 

* 如需其他建議策略,歡迎致電/來信詢問。

樣品需求規格

生資分析流程

樣品類別
定序項目
分析層級
生物資訊分析策略
DNA
Metagenomics
Shotgun sequencing
Advanced

 ●  Quality trimmed

 ●  De novo assembly

 ●  Taxonomy analysis

 ●  ORF prediction

 ●  Gene annotation (BLAST to NR database)

16S rRNA /target
sequencing
Advanced

 ●  Demultiplex by specific barcode

 ●  Reads processing (reads trimming & merging overlapped read pairs)

 ●  OTU clustering

 ●  Remove chimeric OTUs

 ●  Assign taxanomy to OTUs

 ●  Community analysis (Taxonomy analysis)

 ●   Rarefaction analysis

* 如需客製化生物資訊分析流程,歡迎致電/來信指教。


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