Long Non-Coding RNA Sequencing

轉錄體的新世界

Long Non-Coding RNAs (lncRNA)是一種不編碼蛋白的轉錄本,長度通常大於200nt,最長可超過10,000nt的RNA分子。早期研究人員認為轉錄體主要由mRNA所組成,並且認為lncRNA應該是mRNA發生了變異因此沒有轉錄成蛋白質,但越來越多研究顯示lncRNA參與許多基因調控的過程 (下圖)都與疾病發展有關,因此也開啟了lncRNA的視野。

Nature Reviews Genetics. 2009 Feb (10): 155-159

a. lncRNA HOTAIR,Xist,RepA,Kcnqot1會促使Polycomb complex調控X染色體進行Chromatin remodeling (X異染色質生成,抑制其上面的基因表現);b. 以基因cyclin D1基因為例,會受到lncRNA的調控抑制基因表現 (cyclin D1基因表現下降);c. lncRNA Evf2促進DLX2 transcription factor 調節Dlx6基因 (Dlx6基因表現上升);d. DHFR基因的minor promoter產生了lncRNA,並且和DHFR基因的major promoter形成triplex,使得TFIID transcription factor無法binding 到DHFR的major promoter,進而抑制DHFR的基因表現 (DHFR基因表現下降);e.基因Zeb2在genetic locus的antisense上有一個lncRNA Zeb2會導致Splicesome無法與基因Zeb2作用,使得intron retention。

許多研究發現lncRNA與許多人類的疾病相關, 其中lncRNA在多種癌症中差異表達,包括白血病、乳腺癌、肝癌、結腸癌和前列腺癌。lncRNA失調的其他疾病還包括心血管疾病、神經系統疾病和免疫介導的疾病。列表如下


Cell. 2013 Jan; 152 (3): 570-83

在lncRNA被大量研究後,發現生物體中的基因調控機制,遠比我們想像中的複雜,以老鼠的轉錄體為例,老鼠有18萬個轉錄體,但只有2萬多個轉錄體會在轉錄成蛋白質,另外16萬個轉錄體,都屬於lncNRA。隨著研究的深入,參與發育過程的lncRNA也不斷被發現,例如2013年所發表的lncRNA稱為Braveheart (Bvht),便是在哺乳動物發育過程中維持心臟發育的重要lncRNA分子。

適用研究目的

  • 染色質修飾。
  • 轉錄體調控。

範例報告

LncRNA Sequencing。如有任何疑問,歡迎致電/來信指教。

建議策略

產品

 Long NonCoding RNA Sequencing

常見研究目的

 偵測物種內的基因表現量、mRNA選擇性剪切型態

建議定序規格

 *定序平台:Illumina
 *定序方式:Paired-end
 *定序長度:125bp

建議定序資料量/定序深度

 5G

特殊限制

 需有參考序列 (Reference sequence)

* 如需其他建議策略,歡迎致電/來信詢問。

樣品需求規格

生資分析流程

樣品類別
定序項目
分析層級
生物資訊分析策略

RNA

RNA sequencing

Basic

 ● Quality trim

 ● Mapping to reference genome

 ● Gene expression

Advanced

 ● Quality trimmed

 ● Mapping to reference genome

 ● Gene expression

 ● Differential expression analysis

 ● GO analysis for genes with significantly different expression level

* 如需客製化生物資訊分析流程,歡迎致電/來信指教。


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