RNA De Novo Sequencing

替未知物種研究 提供不同層面的探討

若研究的對象是屬於未知物種,並且希望將分析目標放在mRNA層級上時,便需要進行de novo assembly,以期組裝出該特定物種的可能轉錄體 (transcriptome)資訊。由於在分析過程中,沒有使用到來源物種的基因體或其他註解資訊,所以亦可稱之為 reference-free assembly。也因為如此,與已知物種的分析流程相比,de novo assembly通常較為複雜而困難,分析上與真實情況的差異也可能會稍微提高,但在分析樣品來源是未知物種的前提下,這些潛在因素應該是瑕不掩瑜。

在de novo assembly 的分析中,通常會包含以下幾個步驟。首先,在經過次世代定序後,我們會獲得許多短片段序列,這些序列富含該樣品的轉錄資訊。在分析之前,我們會透過品質篩選的步驟,過濾掉定序品質較差的序列,確保訊息可信度。篩選後的序列會進行組裝的步驟,生成許多可能的轉錄產物。接著,我們將組裝結果比對到現有資料庫,給予每個轉錄產物可能的基因註解 (annotation),並進一步將序列比對到組裝結果,依照各個轉錄產物上比對到的序列多寡來評估表現量 (expression)。最後,依照使用者的實驗設計,還可以進行基因差異表現分析 (differential expression),以及功能性分析,包含基因本體 (Gene Ontology)與生物調控路徑 (pathway analysis)的分析。

整體而言,在研究未知物種之基因表現的議題上,我們可以使用次世代定序後得到的序列,透過de novo assembly的方法,來獲得該樣品的轉錄資訊,並且進一步評估各個可能基因的表現量。因此,利用上述方法,我們可以快速的解析未知物種的轉錄體資訊 (whole transcriptome),或是比較不同未知樣品之間的基因表現圖譜 (gene profiling),展現其在分析過程上的可適性。此外,相較於需要已知序列來進行探針設計的 microarray,de novo assembly可以克服此項限制,在探討未知物種層面的研究上,提供了更加有力的方法。

適用研究目的

針對基因註解尚未完全的物種,了解其轉錄體的序列內容。

範例報告

RNA De Novo Sequencing。如有任何疑問,歡迎致電/來信指教。

建議策略

 產品
 mRNA de novo Seq
 常見研究目的
 針對基因註解尚未完全的物種,想要瞭解其轉錄體的序列內容
 建議定序規格
 * 定序平台:Illumina
 * 定序方式:Paired-End
 * 定序長度:125bp or 250bp
 建議定序資料量/定序深度
 5G
 特殊限制
 基因表現量差異越大或複雜度越高,將會影響分析結果
* 如需其他建議策略,歡迎致電/來信詢問。

樣品需求規格

生資分析流程

樣品類別
定序項目
分析層級
生物資訊分析策略
RNA
mRNA sequencing -
de novo assembly
Basic   

 ●  Quality trimmed

 ●  De novo transcriptome assembly

 ●  Gene expression

Advanced

 ●  Quality trimmed

 ●  De novo transcriptome assembly

 ●  Gene expression

 ●  Gene annotation (BLAST to NR database)

 ●  GO analysis

 ●  KEGG metabolic pathway

* 如需客製化生物資訊分析流程,歡迎致電/來信指教。


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