DNA De Novo Sequencing

探究未知物種發現生物多樣性

DNA De Novo Sequencing是針對沒有參考序列的物種進行基因體定序。沒有參考序列的基因體在定序過後,由於需將每個序列進行組裝,因此可採取較長的定序長度 (Read length)、較深的定序深度 (deep coverage)以及Mate-pair定序資料的策略,以大幅提升序列組裝 (Sequence assembly) 的效果。有時亦須同時搭配不同的DNA片段長度 (Library size),來因應基因體上各種不同大小的重複序列,以確保組裝結果之完整性與正確性。而針對細菌或酵母菌的基因體組裝,有勁特別提供光學圖譜技術 (Optical Mapping,簡稱OM),來輔助序列組裝的效果 (參考案例)。目前有勁生技在De Novo assembly上已有許多經驗 (參考案例),除了妥善運用各種現有的組裝軟體之外,也積極開發軟體套件來協助市面上De Novo assembly軟體的缺陷。

圖片說明


  1. 沒有參考序列的基因體組裝可透過Single-end、Paired-end、Mate-pair與深度覆蓋率等不同定序策略,大幅度提升序列組裝 (Sequence assembly) 的效果。

  2. 組裝後的基因體,加上註解 (annotation)的方法有兩種:一是用組裝好的序列直接預測基因註解;二是透過RNA Sequencing技術來定序待測物種的轉錄體,以獲得基因註解。


將組裝好的序列透過GO analysis、KEGG metabolic pathway...等註解。提供研究者更深入研究。

適用研究目的

  • 組裝全新物種。
  • 推測生化代謝特性。
  • 了解親緣演化關係。
  • 特有物種及比較基因體研究。
  • 單一核苷酸多型性 (Single Nucleotide Polymorphisms, SNPs)、插入與缺失 (Insertions and Deletions, INDEL)、染色體結構變異 (Structure Variations, SVs)及拷貝數變異 (Copy Number Variations, CNVs)等。

範例報告

DNA De Novo Sequencing。如有任何疑問,歡迎致電/來信指教。

建議策略

 產品
 DNA de novo Sequencing
 常見研究目的
 研究未知物種的染色體序列內容以探討可能的生物機制
 建議定序規格
 * 定序平台:Illumina
 * 定序方式:Paired-end + Mate-pair
 * 定序長度:250bp
 建議定序資料量/定序深度
 Paired-end: 50X
 Mate pair: 50X
 特殊限制
 染色體越大或複雜度越高,將會影響分析結果
* 如需其他建議策略,歡迎致電/來信詢問。

樣品需求規格

樣品需求規格 Mate pair library

生資分析流程

樣品類別
定序項目
分析層級
生物資訊分析策略
DNA
DNA de novo assembly
Basic

 ● Quality trimmed

 ● De novo assembly

Advanced

 ● Quality trimmed

 ● De novo assembly 

 ● ORF prediction

 ● Gene annotation 

 ● GO analysis

 ● KEGG metabolic pathway

* 如需客製化生物資訊分析流程,歡迎致電/來信指教。


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